Ecossistemas Aquáticos Minimamente Perturbados por atividades humanas

Em bacias hidrográficas que conservam a cobertura vegetal nativa, os ecossistemas aquáticos que apresentam mata ciliar bem preservada e boas condições ecológicas são utilizados como referência. Características ecológicas (p.ex. mínima erosão das margens, poucos sedimentos finos no fundo ou assoreamento ausente), oferecem diversidade de habitats para muitas espécies aquáticas.  

Ecossistemas Aquáticos Moderadamente Perturbados por atividades humanas

Em bacias hidrográficas onde a cobertura vegetal nativa é retirada e os usos da terra causam modificações (p.ex. agricultura, pastagem, pequenas cidades e lugarejos) os ecossistemas aquáticos encontram-se alterados. Algum desmatamento de matas ciliares favorecem a erosão das margens, causando assoreamento do fundo, perda de habitats e eliminação de espécies sensíveis a poluição.  

Ecossistema Aquático Severamente Perturbados por atividades humanas

Na maioria das grandes cidades no Brasil, o desmatamento, retirada de matas ciliares, canalização de cursos d'água, favorecem o assoreamento de rios urbanos. O lixo, esgotos sem tratamento, doenças e mau cheiro são características de poluição de rios urbanos onde poucas espécies resistentes à alterações conseguem sobreviver.